具有高效、准确等特点
作者:dede58来源:dede58.com时间:2019-07-13

  PAML FAQ》、《正选择阐发之 Branch site model 篇(By Raindy)》和《EasyCodeML利用指南》等多篇相关的日记教程和一份课件《EasyCodeML选择压力阐发_北林》。因为相关内容比力细碎,跟着东西的更替及软件功能的完美,这些教程中的一些操作能够通过更快速的体例实现,特拾掇此日记以飨尚未同步更新的用户。

  (4)进化枝模子 (Clade Model)与枝位点模子类似,但不限于检测正选择感化,还能够整个进化枝或部门支系上特异位点的选择束缚性。常用的成对模子是CmC model vs. M2a_rel model;

  出格称谢EasyCodeML测试版自2015年暑假初次推出,至2019年2月11日软件文章被正式领受。四年间EasyCodeML历经无数次的调试和点窜,感激陈程杰博士的辛勤付出,也出格感激陕西博瑞德生物科技无限公司陈振玺、西南大学家蚕基因组生物学国度重点尝试室李寒博士、南京师范大学生命科学学院张麟博士和四川农业大学园艺学院陈清教员等的看法和建议,使得法式日臻完美!

  。后来机缘巧合,我们会商后,便将idea和软件实现拾掇成文章并颁发(当然后面这部门工作,我根基没有参与)。虽然我只担任Coding,不外我仍是拿到了

  (5)支撑文件或文件夹拖曳功能,工作目次、序列文件和树文件,能够间接拖入对应的输入框内;

  EasyCodeML中供给可视化的前景枝标识表记标帜功能,所见即所得,具有高效、精确等特点,还能够避免由手动点窜形成误标问题。用户只需要在载入的树文件,在需要标识表记标帜的分支上通过鼠标点击即可完成前景枝的定义。留意:定义前景枝一般是基于必然的生物学证据。若是暂无生物学消息可用,能够将所有可能的分支别离定义为前景枝,并通过分歧假设进行查验;

  。工作既然是做了,那么就要颁发出来,也要展现出来。于是,决定转载Raindy关于EasyCodeML的博文。一方面,分享和降低生信阐发门槛,是我们开辟软件的初志(如上);另一方面,添加曝光度,也能够让有需要的伴侣看到。若是还有其他方面,那么该当是我健忘了。想要领会关于作者和软件的更多消息,那么最好的体例是,大概就看完这篇推文。

  (1)用于选择压力的序列文件必需是比对后的PML,若是格局尚未转换,能够通过EasyCodeML东西栏下的“Sequence Format Convertor”进行转换,支撑拖曳操作,主动识别序列格局类型;若是核苷酸序列,则序列长度必需是3的倍数(Codon体例比对)。

  (8)启动CodeML阐发(若是需要寂静运转,请勾选In Slient Mode选项,即可不弹出相关提醒消息);

  枝位点模子 (Branch site model):次要假设分歧氨基酸位点的和分歧支系间受的选择压力均具有差别(既考虑位点间也考虑支系间的ω值具有差别),共有四个模子Model A、Model B、Model C和ModelD,次要参数如下:(1)Model A (Model

  外,与枝相关的模子均需要提前进行前景枝的标识表记标帜。枝模子(Branch model)和进化枝模子(Clade model)能够标识表记标帜多个前景枝(或进化枝),但枝位点模子(Branch-site model)只能一次标识表记标帜一个前景枝,图3。

  EasyCodeML是一款以CodeML为内核的、通过可视化交互式的操作进行选择压力阐发的东西,并整合了CodeML中次要的基于暗码子的模子(Codon-based models)。该软件由 Java法式言语编写,并已编译好合用于Windows、Mac OS X和 Linux三个操作系统预编译版本(其他系统操作未测试,不克不及包管其一般运转)。

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